Der Power Commander IIIr wurde im November 2000 eingeführt und verwendet die gleiche „direkt injector control“ Technologie. Die „r“ Version enthält weitere Schaltkreise und, in einigen Fällen, zusätzliche Stecker. Damit ist es möglich, zusätzlich zur Benzinkurve ebenfalls die Zündung anzupassen. Änderung des Zündzeitpunkts kann sich auf der Rennstrecke sehr positiv auswirken, vor allem, wenn die Faktoren Benzin mit viel Oktan oder Hochleistungsmotoren berücksichtigt werden.